Para configurar el datasource de una aplicación web para el Tomcat 5.5 desde eclipse.
Configurar server.xml
<Resource name="jdbc/miDS" auth="Container" type="javax.sql.DataSource"
maxActive="20" maxIdle="5" maxWait="10000"
username="sa" password="" driverClassName="org.hsqldb.jdbcDriver"
url="jdbc:hsqldb:hsql:localhost:1666"/>

configurar server.xml
Configurar web.xml
<resource-ref>
<res-ref-name>jdbc/miDS</res-ref-name>
<res-type>javax.sql.DataSource </res-type>
<res-auth> container </res-auth>
</resource-ref>
Acceder al datasource desde el código
InitialContext jndiContext = new InitialContext();
DataSource ds =
(DataSource)jndiContext.lookup("java:comp/env/jdbc/miDS");
Configurar el resource se puede hacer en otros sitios, pero también hay que configurar eclipse para decirle de dónde coje la información de la configuración del tomcat.